Основным структурным подразделением Института биоэлементологии является лаборатория. Лаборатория занимается разработкой определенной научной тематики в рамках единой программы научно-исследовательских работ.
В состав института входят:
лаборатория металломики (зав. лаб. Тиньков А.А.)
лаборатория нутрициологии (зав. лаб. Баранова О.В.)